王五在甲公司任职期间因工作关系合法接触并掌握了该药品配方，但其负有保密义务。王五离职后将甲公司的商业秘密提供给乙公司并允许乙公司使用，属于违反保密义务，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密，构成侵犯商业秘密，B正确。

乙公司明知该药品配方系王五违反保密义务提供的甲公司商业秘密，仍然获取并用于新产品的研发和生产，属于第三人明知或者应知相关人员实施侵犯商业秘密行为，仍获取、使用该商业秘密的情形，因此乙公司也构成侵犯商业秘密，A正确。

竞业限制义务来源于甲公司与王五之间的竞业限制协议。王五作为高级技术人员属于可以约定竞业限制的人员，其在约定的2年竞业限制期限内到与甲公司存在竞争关系的乙公司任职，违反竞业限制义务，D正确。乙公司并非该竞业限制协议的义务主体，因此不能认定乙公司“违反竞业限制义务”，C错误。

故本题选择ABD。

侵犯商业秘密的抗辩事由主要包括自主研发、反向工程、从合法途径取得使用权、因权利人自身原因而获悉后使用、因公共利益限制而有权使用等。

自主研发形成与他人商业秘密相同的技术信息，不构成侵权，A正确。

反向工程是指通过技术手段，对从公开渠道取得的产品进行拆卸、测绘、分析等而获得有关技术信息。符合相应条件的反向工程一般不构成侵犯商业秘密，B正确。需要注意，如果行为人先以不正当手段取得商业秘密，再以反向工程为由抗辩，不予支持。

因权利人自身原因导致商业秘密内容被公开，他人通过合法途径知悉并使用的，不构成侵犯商业秘密。因此C所称“仍然构成侵犯商业秘密”错误。

商业秘密依法转让或者许可后，受让人或者被许可人在其合法取得的使用权范围内使用，可以对抗侵权指控，D正确。

故本题选择C。

商业秘密具有财产权属性，侵犯商业秘密属于民事侵权，因此民事救济是商业秘密的首要保护方式，但并不是唯一的保护方式。侵犯商业秘密还可能依法承担行政责任、刑事责任，因此A错误。

我国负责制止不正当竞争的监督检查部门是市场监督管理部门，B正确。

2026年相关内容已经调整为：赔偿数额按照权利人的实际损失或者侵权人的侵权获利确定；经营者故意实施侵犯商业秘密行为，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的1倍以上5倍以下确定赔偿数额。因此C正确。这里应使用“故意”，不再写原题中的“恶意”。

商业秘密的民事救济以反不正当竞争法保护为主，可以通过停止侵害、赔偿损失等方式保护权利人的合法利益，D正确。

故本题选择BCD。

侵犯商业秘密的民事责任主要包括停止侵害、赔偿损失等，A正确。商业秘密具有财产权属性，侵犯商业秘密属于民事侵权，民事救济属于商业秘密的首要保护方式，B正确。

对于商业秘密侵权诉讼，排他使用许可合同的被许可人可以与权利人共同提起诉讼；在权利人不起诉的情况下，排他使用许可合同的被许可人也可以自行提起诉讼，人民法院应当依法受理。因此C错误。

人民法院判决侵犯商业秘密行为人承担停止侵害责任时，停止侵害的时间一般持续到该项商业秘密已为公众知悉时为止。如果按照这一期限明显不合理，也可以在依法保护权利人竞争优势的情况下，判决侵权人在一定期限或者范围内停止使用该商业秘密。因此D正确。

故本题选择ABD。